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文章摘要
引用本文:叶可勇,陈瑶,李瑞梅,符少萍,郭建春.小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测[J].热带生物学报,2012,3(3):222-227.
小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测
Bioinformatic Prediction of Conserved microRNAs and Their Target Genes in Musa acuminata
  
DOI:
中文关键词: 小果野蕉  microRNAs (miRNAs)  靶基因  生物信息学
英文关键词: Musa acuminate  microRNAs (miRNAs)  target gene  bioinformatics
基金项目:国家973重大基础性研究项目(2010CB126600); 国家高技术研究发展计划(863计划) (2009AA10Z102); 国家自然科学基金(30860151; 31170234; 31160061); 中央级公益性科研院所基本科研项目(ITBB110218); 国家木薯产业技术体系项目
作者单位
叶可勇 1. 中国热带农业科学院 热带生物技术研究所海南 海口 571101 
陈瑶 2. 中国热带农业科学院 科技信息研究所海南 海口 571101 
李瑞梅 1. 中国热带农业科学院 热带生物技术研究所海南 海口 571101 
符少萍 1. 中国热带农业科学院 热带生物技术研究所海南 海口 571101 
郭建春 1. 中国热带农业科学院 热带生物技术研究所海南 海口 571101 
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中文摘要:
      通过基于表达序列标签(EST)、基因组勘测序列(GSS)和高通量测序基因组序列(HTGS)的同源序列比对搜索,以及一系列的标准筛选,最终预测到属于8个家族的10条小果野蕉miRNAs。在线软件psRNATarget预测到24对miRNAs与靶基因的互作,这些靶基因主要参与小果野蕉的新陈代谢、生长发育以及胁迫响应等过程。
英文摘要:
      MicroRNAs (miRNAs) are small RNAs (sRNA) that regulate post transcriptional gene expression by cleaving or inhibiting the translation of target gene transcripts. Based on the conservation of miRNAs in many plant species and the currently available genome sequence, 10 individual conserved miRNAs have been predicted in Musa acuminata, and these miRNAs were found to belong to 8 families. Online psRNATagret software was run and 24 pairs of miRNAs were predicted to interact with their targets in Musa acuminata, and these target genes are involved in metabolism, development, response to biotic and abiotic stresses, and other cellular processes. This study has provided information on Musa acuminata miRNAs and their targets for future studies.
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